《沙丘》的背景是遥远的未来，那时候人类已经越出了地球，建立了恒星帝国。由三种势力控制整个社会，一是垄断整个恒星间运输的宇宙协会，一是恒星帝国政府，一是掌握行星领土的土皇帝(大公)，这三种势力联合统治着整个恒星帝国。
在众多的土皇帝中，有一个厄崔迪公爵。厄崔迪家族一直在帝国占很大的势力，居很高地位。也许由于他的势力太大，国王感到会威协到自己的统治，于是找了个借口，将阿特列特的封地加以移封，贬到一个荒芜的星球厄拉科斯星去。
厄崔迪公爵被贬到阿拉基斯星，远离了统治中心，按理是可以使国王安心的，因为阿拉基斯绝大部分是荒凉的沙漠。不过阿拉基斯星却出产美琅脂(Melange)，那是一种类似香料的东西，是医治老人病的一种特效药物，拥有这种物质，就等于拥有最大的财富。
这引起了厄崔迪的仇敌哈克南男爵(Baron Harkonnen)眼红，他千方百计要从厄崔迪手中将这个星球夺取过来。他说服国王借给他所向无敌的沙多卡军团，对厄拉科斯星发动猛烈的进攻。虽然亚崔迪和他的军队竭尽全力抵抗，但根本没有胜利的希望，亚崔迪最后自杀身亡。厄拉科斯星被军团攻占后，就变成了哈克南男爵的领土了。在这场变革中，被弗里曼人所尊敬的半弗里曼人行星生态学家Liet-Kynes也被哈克南谋杀。
厄崔迪的儿子保罗和他的母亲杰西卡在混战中，逃了出来。保罗还只是个十来岁的少年，但他心中充满了复仇的意志。他们逃进沙漠中去，遇见了沙漠中生存的自由民弗里曼人。
弗里曼人这些自由民，可以说是帝国中的法外之民，他们的战斗力很强，而且是一个很有团结精神的民族。他们长期在沙漠中生活，在沙漠的腹地建筑了很多洞穴，在地下生活。
少年保罗为了使弗里曼人接受他成为他们当中的一员，作了很多努力。在第一次接受弗里曼人的一种古老的仪式时，保罗预知能力被彻底激发，他因此能够准确预测未来的一切。这种特异功能使保罗称为预言之子，人们见证了预言中的魁萨茨·哈德拉克，一个联系时间与空间的救世主，谢西卡也被尊为教母，弗里曼人将保罗视为他们的领袖。
保罗的成长过程中，他掌握了驾驭沙漠中的大沙虫的本领，这些大沙虫在生产美兰基的过程中占有重要的地位。保罗和行星生态学家Liet-Kynes之女加妮Chani相爱，结成配偶，成为了弗里曼人的一员，并将他们贝尼.杰瑟里特姐妹会的搏斗技术传授给弗里曼的各个部落，使弗里曼人的战斗力迅速增强。
保罗·厄崔迪成为弗里曼人的首领之后，改称为保罗.穆阿迪布，他开始计划改造阿拉基斯星的气候，希望使沙漠获得水。有了水整个经济及生态将会改造一新，这给基尼人带来了希望。
保罗.穆阿迪布的存生，渐为人知，他的势力一天天发展壮大，使帝国感到威胁。哈肯尼首先感到这死敌的生存，已威胁到他对阿拉基斯星的统治，于是又和国王策划一次新阴谋，要求再次派遣沙杜卡军团去征剿弗里曼人。
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