李自成本名鸿基，崇祯二年(公元1629年)参加张存孟的起义军。后义军逐渐壮大，李自成被义军称为闯将，崇祯九年，被推为闯王。1644年，李自成率军攻入北京城，推翻了明朝的统治。而后不久，山海关一战，农民军遭吴三桂部和清兵的夹击，大败而归，李自成匆匆在武英殿举行即位典礼，随即放火焚烧明宫并撤出北京。以后，李自成数战数败，转战南北，于1645年行军至湖北九宫山时，遭地方乡兵袭击，李自成不知所终。直到现在，关于李自成的行踪仍无确切说法。综合而言，大致有两种：“九宫山说”和“夹山说”。对于李自成在九宫山上死亡的记录见于阿齐格向清廷的奏报和南明兵部尚书何腾蛟给唐王的奏报。阿齐格在奏报中写道：“反兵逃窜至九宫山中，我军随后搜遍全山，不见李自成，李自成身边的随从共20人，被困，自缢而死。派遣一见过李自成者，前往辨认，但尸体已腐烂，不能够看清，是生是死，继续追查。”何腾蛟所写的奏报说：“在九宫山已将李自成斩首，首级不慎丢失。”以后这两封奏报成了多数研究史学人士的根据。
据《明史》、《小腆纪年》、《南疆逸史》等史籍记载，李自成到九宫山后，队伍散去，李自成本人被程九百等乡民所杀，同治《通山悬志》、嘉庆《湖北通志》都赞成此说。但是，20世纪80年代在湖北通山县新发现的《朱氏宗谱》、《程氏宗谱》为“九宫山说”提供了新的证据。在新中国刚刚建立之时，曾掀起一场关于李自成葬身何地的争论，最终李文治撰文考证李自成葬身之地为湖北省通山县九宫山，郭沫若赞成此说法，学术界对这一结论也基本认可。因此闯王陵从通城县迁移至通山县九宫山牛迹岭下。但是，九宫山说亦有两点可疑之处，首先是“尸朽莫辨”，其次是上呈奏报的阿齐格和何腾蛟两人当时并未在九宫山，是从手下将士嘴里听到消息的。
首先对“九宫山说”提出疑问的是申悦庐，他认为李自成兵败后并未死于湖北，而是在康熙十三年(公元1674年)老死于湖南省石门县夹山灵泉寺。这个推断主要依据是清朝时期湖南澧州知州何所作的《书李自成传后》一文，何经过实地考察，询问当地老人，认为李自成在九宫山并未死去，而是制造的假象，以迷惑追兵从而摆脱清军。在从湖北公安逃到湖南澧州的过程中，大多数的部下见闯王大势已去，便纷纷另谋生路。到安福县境内，闯王甩开随从十余人，单独来到夹山灵泉寺削发为僧，也就是夹山灵泉寺的祖师“奉天大和尚”，法号“奉天玉”。李自成曾经称自己为“奉天倡议大元帅”，其中“奉天玉”隐含“奉天王”之义。奉天玉和尚于康熙十三年(公元1674年)死于灵泉寺中。何亲自见到了曾伺候过奉天玉和尚的老僧，据老僧讲，奉天玉和尚在顺治初年来到灵泉寺，说话带有陕西口音。寺内还收藏有奉天玉和尚的画像，与《明史》记载相符。留在澧州的起义军余部一直没有推举新的首领，也是由于李自成还健在的缘故。
清末民初著名学者章太炎赞同“夹山说”。他也到澧州进行过实地考察，还考察出李自成夹山隐居时，曾作诗百首来赞赏梅花，即《梅花百韵》，并搜集到其中的五首作为驳斥“九宫山说”的依据。一些出土的文物成为“夹山说”最具权威性的证据。在澧州发现建有奉天玉和尚的墓地并有骨灰坛出土，20世纪50年代在奉天玉断碑上发现有“子门徒已数千指中兴”等句，完全是一派将领的豪言壮语。重修夹山寺时，又发现刻有《梅花百韵》诗的残版，上面残留九首诗歌；同时还发掘到“永昌通宝”铜币(永昌是李自成大顺政权的年号)，刻有“永昌元年”字样的竹制扇骨、铜制熏炉等。据史学家称，奉天玉和尚墓出土的符碑上面，刻有四句四言偈语，十分接近于李自成的家乡米脂的传统随葬符碑，其中有三句和在米脂地区出土的一块符碑上的三句完全相同，这与石门的传统发葬的习俗有明显区别。另外，奉天玉和尚有一弟子，法号“野拂”，他就是李自成的侄子李过，野拂所撰的碑文为何的说法提供了有力证据。
学术界对李自成结局的研究还会继续，随着研究的深入，或许会发现具有说服力的证据，向人揭示这一谜案的真相。