李自成逃禅石门夹山一说，流传极广。湖南省的石门县古称澧阳，又称澧州。据清代乾隆年间的《澧州志林》所收澧州知州何的《李自成传》一文称，李自成兵败，独窜石门之夹山为僧，法名奉天玉和尚。文中所指夹山即夹山寺，该寺位于石门县东15公里的三板桥，是一座唐代古刹，也就是本文一开始讲到的那个地方。寺内遗有与此说相关的一些碑记塔铭、诗文残板，以及奉天玉和尚的骨片和包括宫廷玉器在内的许多遗物，包括在1980年的考古发掘中发现的诸多文物。这些无疑构成了此说的有力佐证。何的说法也是有关“闯王”出家的最早记载。据言，何曾到夹山进行考察，见到了一位服侍过奉天玉和尚的、口音像陕西人的70岁老和尚，他告诉何，奉天玉和尚是顺治初年来寺的，并取出其画像。
据说画上人酷似史书所记李自成的模样。有人根据李自成曾自称“奉天倡义大元帅”，后又称“新顺王”，断定“奉天玉”即“奉天王”多一点，是为隐讳。而奉天玉和尚墓葬中发现的骨灰和砖刻《塔铭》，墓葬中，其弟子野拂所撰碑文及有关文物，都与何之文相印证。据持此说法的人推测，“野拂”就是李过，李过就是李自成的亲侄儿李锦，由此可证，被野拂精心侍奉的奉天玉和尚就是李自成。在夹山寺里还发现了记述奉天玉和尚《重修夹山灵泉禅院功德碑》(康熙碑)和《重修夹山灵泉寺碑坛》(道光碑)及密藏墙洞的《支那撰述》、咏梅残版和野拂撰文残碑、野拂墓碑、闯王令牌、临澧蒋家传世文物、6枚“永昌通宝”铜币、7个“西安王”铜马铃，更有夹山寺地道地宫密室发现的石雕龟形敕印。敕与诏一样，都只有君王才能使用，一般人是不能用敕和诏的。敕印与奉天玉诏这一切似乎进一步证实了奉天玉和尚就是李自成本人的事实。
持此说的另一依据是从战略推理上得出来的，认为李自成去当和尚，是为情势之所迫，是为了联明抗清。当时，李自成领导的大顺军的主要敌人，已经不再是明朝的势力，而换成了气势汹汹的清军。抗清已成为了当务之急。联合国内的其他武装力量便也显得举足轻重了。当时可以联合抗清的，只有唐王朱聿键手下的湖南何腾蛟。但与何腾蛟谈判，部队必须交何指挥，而何是唐王的宰臣，李自成则是皇帝，这在情理上是难以接受的。况且，李自成逼死了崇祯皇帝，深恐唐王不能谅解。于是，李自成遂采取假死、隐居的做法，巧妙地回避了矛盾，让皇后高氏和李过出面与何腾蛟联合，共同抗清。
然而，反对“逃禅说”的学者认为此说是经不起推敲的：奉天玉和尚虽然确有其人，但据塔铭记载，奉天玉曾历经清要。何为清要?《朝野类要》卷二曰：“职慢位显谓之清，职紧位显谓之要，二者兼之，谓之清要。”李自成则与清、要毫无干系，塔铭的作者刘萱为明朝遗臣，他是忠于大明朝的，怎能为农民领袖李自成写铭记功呢?这是无法理解的。况且，在1982年冬湖南慈利县新发现的《野拂墓碑》中有“久恨权阉……也逐寇林……方期恢复中原”等词句，这也表明野拂是痛恨宦官的明朝武官。而野拂对奉天玉和尚事谨慎的态度也说明他们之间关系的密切，同时说明奉天玉可能也是明朝遗臣。有记载说，奉天玉乃是顺治年间从四川到石门县夹山寺的云游和尚，他初到夹山，见古刹破败，便抛头露面、沿门托钵，求乞多方支持，以修复寺庙。若果然是自成逃禅隐居于此，怎能如此张扬，不懂得保密呢!
其实在四月下旬，大顺军主力行进到距离江西九江不远的地方就被清军又一次追上。一通混战之后，清军攻入了大顺军的老营，将汝侯刘宗敏、军师宋献策、李自成的两位叔父(赵侯、襄南侯)以及一批将领家属俘获。这一突然事变使得大顺军将士的士气大沮。
由于清军已经追击到九江一带，大顺军东下的路途就有可能在长江下游被截断，因为这时清军的东路豫王多铎部正在取道河南归德府、安徽泗州向南京迫近，随时有可能回师而上对大顺军实施包围。李自成于是很敏锐地觉察出这一点，改变战略，掉过头来准备穿过江西北部转入湖南。于是在途经湖北通山县和江西宁州(今修水县)交界的九宫山下的时候，李自成本人发生了意外。这一幕一定是惊心动魄的场面，在明、清两方的文书里面则都有记载。南明的五省总督何腾蛟在隆武元年所写的《逆闯伏诛疏》中就说：
“臣揣闯逆知左兵南逞，势必窥楚，即飞檄道臣傅上瑞、章旷，推官赵廷璧、姚继舜，咸宁知县陈鹤龄等，联络乡勇以待。闯果为清所逼，自秦豫奔楚。霪雨连旬，闯逆困于马上者逾月，此固天亡之也。闯逆居鄂两日，忽狂风骤起，对面不见，闯心惊疑，惧清之蹑其后也，即拔贼营而上。然其意尚欲追臣，盘踞湖南耳。天意亡闯，以二十八骑登九宫山为窥伺计。不意伏兵四起，截杀于乱刃之下。相随伪参将张双喜系闯逆义男，仅得驰马先逸。而闯逆之刘伴当飞骑追呼曰：‘李万岁爷被乡兵杀死马下，二十八骑无一存者。
一时贼党闻之，满营聚哭。及臣抚刘体仁、郝摇旗于湘阴，抚袁宗第、蔺养成于长沙，抚王进才、牛有勇于新墙，无不众口同辞。营内有臣晋豫旧治之子衿氓隶，亦无不众口同辞也。张参将久住湘阴，郝摇旗现在臣标，时时道臣逆闯之死状。嗣后大行凶问至(指弘光帝被清军俘获)，剿抚道阻音绝，无复得其首级报验。今日逆首已泥，误死于乡兵，而乡兵初不知也。使乡兵知其为闯，气反不壮，未必遂能剪灭，而致弩刃之交加，为千古大快也。自逆闯死，而闯二十余万之众初为逆闯悲号，既而自悔自艾亦自失，遂就戎索于臣。逆闯若不死，此二十万之众，伪侯伪伯不相上下，臣亦安得以空拳徒手操纵自如乎?”