努尔哈赤是统一了女真各部的优秀军事家，他建立起了统一的后金政权，但是在他上位的过程中，双手却沾满了同族的鲜血。
民谚有云“打虎亲兄弟，上阵父子兵”，说的无非是血浓于水、内部团结才好一致对外的道理，可这样尽人皆知的常理在努尔哈赤崛起的经历中却不能被印证。努尔哈赤本人并没有想到，当自己收拾起父祖留下的13副盔甲、30余名男丁开始踏上征程的时候，第一个要面对的敌人居然是自己的本家亲戚。而随着汗(皇)权的一步步集中与加强，虽然努尔哈赤一贯不忍戕害同族，但他的双手最终还是沾染了亲弟弟的血。
努尔哈赤的曾祖父福满共有六个儿子，据清代宗室族谱《玉牒》的记述，分别为长子德世库、次子刘阐、三子索长阿、四子觉昌安、五子包郎阿和六子宝实。其中四子觉昌安为努尔哈赤的祖父，余者则是他的叔、伯祖父。六祖之中以三祖索长阿一支的实力最为雄厚，他继福满之后成为掌管家族部落事务的酋长。
六祖子孙的关系原本还算融洽，但当苏子河畔的亲戚们听说年轻的努尔哈赤得到了家族旧有的建州左卫都督之职和30道敕书、30匹马的时候，道义的天平被利益动摇了。或许是他们真的厌倦了女真人之间的杀伐征战，担心努尔哈赤的复仇之举给家族带来血光之灾;或许是他们更习惯于如何在别人布置的棋局内攫取更多的个人利益，而无意、更不敢打破旧有的利益格局，总之当努尔哈赤起兵要向尼堪外兰复仇时，本该是天生盟友的亲戚们似乎忘记了觉昌安和塔克世的死，纷纷站到了仇人的一边。
六祖子孙们先是聚集于堂子(满洲人祭天的场所)，对天盟誓要杀掉努尔哈赤，并前去投靠得到明朝支持的仇家尼堪外兰，继而不遗余力地开始针对努尔哈赤的剿杀活动。他们挑唆努尔哈赤的盟友背弃盟约、暗地里为尼堪外兰传递消息、几次派刺客暗杀努尔哈赤、勾结海西女真哈达部袭劫努尔哈赤所属的城寨，又将努尔哈赤最为信赖的亲密战友、亲妹夫噶哈善哈斯虎设计杀害。值得庆幸的是，在这种艰险的处境中努尔哈赤并不是孤立无援的。他的弟弟穆尔哈齐、舒尔哈齐、雅尔哈齐、巴雅喇和族弟阿敦始终与他站在一起、并肩战斗，并且在艰难的女真统一之路上逐渐成长为努尔哈赤的得力助手。
从万历十一年(1583)五月正式起兵，至万历十六年(1588)九月完成对建州五部女真(栋鄂部、苏克苏浒部、哲陈部、完颜部、浑河部)的统一，年轻的兄弟们凭借着自己的坚韧果敢与进取不息，共同揭起清帝国创业史的序幕。随着部落内部小利益格局的变革与稳定，这些曾经发誓要杀掉努尔哈赤的亲戚们才放弃了敌视的立场，曾经的剿杀联盟也不欢而散。
最接近汗权的弟弟
女真社会中长期存在一种“两头政长”的政治体制模式，即一个部落联盟内设置两名酋长，他们大多是同一家族内的平辈兄弟，平时各自拥有部属，副酋长起到辅佐酋长处理部族日常事务的作用，彼此间相辅相成、休戚与共。比如金代女真完颜部在进入国家社会前，便是由阿骨打与堂兄撒改“分治诸部”的，而明末海西女真的叶赫部同样一直存在清加努、杨吉努的“两头政长”世系：
西城贝勒：清加努---(子)---布斋---(弟)---布扬古
东城贝勒：杨吉努---(子)---纳林布禄---(弟)---金台石
努尔哈赤之母额穆齐共生有三个儿子—努尔哈赤、舒尔哈齐、雅尔哈齐，因雅尔哈齐早殁无嗣(一说殁于公元1589年)，在血缘上与努尔哈赤最为亲近的便只剩下舒尔哈齐一人。明《建夷考》中说他们是“一兄一弟，皆以骁勇雄部落中”，可见舒尔哈齐也是跃马弯弓、驰骋疆场的一名虎将。
实力强大起来的努尔哈赤修建了第一个“国都”费阿拉城，号淑勒贝勒(surebeile)，舒尔哈齐被称为“弟贝勒”，于是建州女真部“两头政长”的格局正式形成，舒尔哈齐成为建州女真部的“二号人物”。《清史稿》中称这一时期的兄弟二人每次出兵前都“登垅而谋，策定驰而下”，实在是一幅兄友弟恭、手足同心的和谐景象。
断臂之痛
随着女真各部的逐渐统一，明朝政府开始对辽东局势感到不安。辽东总兵李成梁重操旧业，再次实行以往屡试不爽的分化瓦解政策，极力拉拢舒尔哈齐。他先是让自己的儿子李如柏纳舒尔哈齐的女儿为妾，又趁舒尔哈齐妻子病故之机，专程派人携带酒席、牛羊等“超标准”的祭品前往祭悼。万历三十六年(1608)，明朝政府赐给建州左卫努尔哈赤敕书357道，但同时又以建州右卫的名义赐给舒尔哈齐敕书140道，个中刻意扶植舒尔哈齐以削弱努尔哈赤的意图昭然若揭。面对明朝的种种“恩宠”，舒尔哈齐却觉得自己作为建州女真的“二都督”，有理由借明朝政府之力树立领袖的地位。可是，兄与弟之间的差异和努尔哈赤作为旧有势力突破者的特殊身份，决定了现实的残酷。
随着统一大业的顺利推进，努尔哈赤的权力日益扩张。从“女真国建州卫管束夷人之主”，到“建州等处地方国王”，再到蒙古喀尔喀五部王公为他奉上“淑勒昆都仑汗”的尊号，兄弟之间地位的差别越来越明显。本来还能觅得踪影的“两头政长”体制逐渐被搁置在一旁，弟贝勒舒尔哈齐开始“耿耿不寐，如有隐忧”。
万历三十五年(1607)三月，居住在蜚悠城的女真部落主动要求脱离乌拉部的控制归顺建州，努尔哈赤派舒尔哈齐和自己的儿子褚英、代善等人率军3000前往收编该部。返回途中，他们在乌碣岩(今朝鲜咸镜北道钟城以南)遭遇领兵阻截的乌拉部贝勒布占泰，舒尔哈齐因顾虑与布占泰之间的姻亲关系而不肯参战。
事后，努尔哈赤虽然没有问责于舒尔哈齐，还赐予他一个“达尔汗巴图鲁”的称号，但却将舒尔哈齐的两名属将常书、纳齐布以“不进战”之罪论死。这种敲山震虎的举动舒尔哈齐自然不会佯作不知，为了保全这两个人，他不惜以死逼迫兄长让步：“若杀此二将，则我亦属当死之列矣!”盛怒之下的努尔哈赤虽然免除了二将的死罪，却剥夺了舒尔哈齐的兵权，兄弟间的冲突爆发了。
从曾经距离汗位最近的“弟贝勒”，到有名无实的“达尔汗巴图鲁”，舒尔哈齐难免忧愤满腹，他曾发怨言称：“此生有何可恋，不如一死!”于是渐渐产生了率部出走另立山头的想法，并将地点选在靠近明朝边境及海西女真领地的黑扯木(hecemugolo，今辽宁省铁岭市东南)。建州女真内部的这种异动被明朝廷所侦知，熊廷弼曾在《题为狡酋近状叵测》中援引驻扎在哈达旧地的建州军兵的话称：“我都督与二都督速儿哈赤近日不睦，恐二都督走投北关，令我们在此防范。”
为了避免建州女真的分裂，努尔哈赤曾经力劝弟弟不要移居黑扯木，但舒尔哈齐去意已决。万历三十七年(1609)三月，面对已然率部出走的亲弟弟，努尔哈赤不得不忍痛“断臂”——他没收了舒尔哈齐的财产，并将曾与舒尔哈齐一起密谋出走的亲侄子阿尔通阿、札萨克图处死，面对兄长咄咄逼人的气势，万念俱灰的舒尔哈齐不得不返回建州。按清代官方史书的说法，努尔哈赤见弟弟回心转意，便将剥夺的财产“悉数归还弟贝勒”，可是愧疚难当的舒尔哈齐还是在两年后突然过世。