据史料记载：秦始皇灭掉六国以后，采取了一系列措施加强中央集权。公元前213年，秦始皇在都城咸阳与文武群臣及众儒生大排筵宴。宴会之上，众儒生围绕分封制和郡县制孰好孰孬的问题，发生激烈争论。博士生淳于越等人主张恢复商周时代的分封制，丞相李斯等则赞同郡县制，并严厉指责淳于越等人“道古以害今”。淳于越等人不以为然。李斯遂向始皇帝进献《谏逐客书》，大力批驳儒生不识时务之后，建议焚书。
焚书的前后，秦始皇迷恋仙道，追求长生不老，派徐福、侯生、卢生等人四处寻求仙药。侯生与卢生等人未能找到仙药，心急如焚，又害怕受到惩罚。于是，他们咒骂了秦始皇一番，悄悄地逃走了。秦始皇闻讯十分恼怒，下令把诸生统统集中到都城咸阳，交给御史审查讯问，借以查出造谣惑众的侯生、卢生两人的行踪。诸生人人自危，为保全性命，只得相互推诿。秦始皇失去耐心，亲自圈定460余人，悉数坑杀。
坑儒谷在西安临潼区韩峪乡洪庆堡，但历史上是否真有其事，至今仍是个谜。
这就是千百年来一直流传的秦始皇“焚书坑儒”事件的始末。可是，随着时间的推移，史料的丰富，历史学界对秦始皇“坑儒”产生了疑问，认为把焚书坑儒的罪过一股脑推给秦始皇的做法值得商榷。
从以上有关记载来看，焚书的决策确实是秦始皇做出的。关键是他焚书之后有没有“坑儒”呢？分歧就在这里。有相当一部分学者认为，从“坑儒”事件的起因看，秦始皇坑杀的460余人应该是方士，而非儒生。这是符合逻辑的。但相关历史资料显示：当时始皇帝的长公子扶苏进谏：“众儒生都学习孔子的学说。”这样一来，秦始皇坑杀的这些人又像是儒生，或者说有相当部分儒生。
另外一部分学者则认为，应把秦始皇的“坑儒”视为“焚书”的继续，因为这两项举措均为了钳制思想、防民之口，所以被“坑”的这些人应该是儒生，而不是装神弄鬼的方士。他们的有力证据是东汉卫宏《诏定古文官书序》的相关记载：秦始皇焚书之后，儒生多愤愤不平。于是，他命人在骊山的温谷挖坑种植瓜果，这些瓜奇迹般地在冬季成熟。秦始皇以评论这种奇异现象为名，召博士诸生集于骊山观看。正当众儒生们说东道西，争论不休时，秦始皇趁机命令兵士突然填土埋之，700多名儒生全部被活埋在山谷中。根据这一点来看，秦始皇确实有过“坑杀儒生”的行为。
除以上两种观点外，研究正史的学者又有新说。他们认为，“坑儒”纯属子虚乌有，它应该是“坑方士”的讹传。史载，“坑方士”确有其事，它出现于始皇三十五年，原因就是侯生、卢生咒骂秦始皇并逃跑。这些学者分析指出，“坑方士”之所以讹传为“坑儒”，是因为当时的方士多兼通儒术，加之此前有焚毁儒书之举，后人由此附会，误把坑杀方士说成坑杀儒生。
这些学者强调，这不是说被杀的460多人中没有儒生，全是方士，也可能有一些倒霉的儒生由于为方士求情，而一同被裹挟其中。至于这些人被杀的原因则与儒家的政治主张和学派观点无关。所以即使被杀者有儒生，也并非因其为儒生而得罪，而是与方士们有某种牵连之故。因此绝无理由说秦始皇“坑儒”。
对于到底是坑杀了460余方士还是700多儒生，有的学者提出两者可能都是事实，或者说是前后两件事，即秦始皇集体坑杀文人可能不止一次。他们的理由是，秦始皇是一位典型的暴君，嗜杀成性，无论是方士找不到长生不老药还是儒生非议朝政，都有可能被坑杀。这种观点有一定合理性，但揣测、臆断的成分比较多，有力证据不足。