关于人类的起源，迄今一直存在单地起源说与多地起源说之争。尽管20世纪90年代以来，遗传学上的证据比较多地支持单地起源说(起源非洲)，但多地起源说也不乏证据，而且证据越来越多。
20世纪30年代，德国人类学家魏敦瑞提出，北京人和现代亚洲人有很多相似特征。人类的种族是由各地的古代直立人独自演化为今天的智人;20世纪60年代美国人类学家卡尔顿·库恩提出，现代人是由5种不同的人类平行演化而来(高加索人种、刚果人种、开普人种、蒙古人种和澳大利亚人种)，一些种族比其他种族更早演化进入现代人阶段，导致一些人类的文明要进步于其他文明。如高加索人种和蒙古人种要优于其他人种。
20世纪90年代，中国遗传学者陈竺和金力指出，现代中国人是约5万年前由非洲迁徙而来的人类后代(单地起源说)。但另一些古人类学家，如吴新智等提出了中国人独立起源于中国的假说(多地起源说)，属于“连续进化附带杂交”。这个假说背后有时间和实物的大量证据。
中国出土和发现了800万年前的禄丰古猿，200万年前早期直立人巫山人，170万年前的元谋人，115万年前的蓝田人，50万年前的北京人和郧县人，30万年前的安徽和县人和南京汤山人，距今20万～10万年前的早期智人如辽宁金牛山人、陕西大荔人、内蒙古河套人、安徽含银山人、山西许家窑人和丁村人、广东马坝人、湖北长阳人，距今4万～1万年前的晚期智人，如广西柳江人、北京山顶洞人、云南丽江人、四川资阳人、贵州穿洞人、陕西黄洞人等。
2008年，河南许昌灵井旧时器时代遗址第四纪晚更新世早期地层中发现距今10万～8万年前的古人类许昌人头盖骨化石，填补了中国没有距今10万～5万年前的人类化石的空白。
小矮人与多地区起源学说
澳大利亚新英格兰大学与印尼的研究人员在2004年10月28日出版的英国《自然》杂志发表一篇论文称，他们在印度尼西亚挖掘到一具史前小矮人化石，是人类历史上从未被发现的一个新人种。
研究人员是在印尼弗洛勒斯岛上的梁布亚洞穴里发现这具女性化石的，身高仅1.06米。这名女性死时至少已有20岁，头颅只有柚子般大小，大脑只有380毫升，只及现代人1350毫升的1/4，因此科学家将这具化石取名为“小矮人”，编号LB1，并将这个新人种命名为“弗洛勒斯人”。
中國科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员吴新智等人也认为，人类的起源是多地区起源，不过人类进化的模式是连续进化，附带杂交，即各大陆人种之间既存在基因交流，又拥有一个共同的基因库。如果基因交流太强，就没有现在黄种人、白种人的差异。但如果只有连续进化，没有大地区间的基因交流，长时间的地理隔离，又将导致不同物种的形成。所以，正是两者恰到好处的综合，才促成了当今世界不同人种并存的格局。
那么，小矮人是不是一个新的人种并由此可以成为人类是多地区起源的一个有力证据呢?在后来的研究中，研究人员提出了多种假说。第一种假说是，小矮人不是一个新的人种，也与人类的多地区起源无关。这名弗洛勒斯人可能是因为疾病，如患唐氏综合征、缺碘、小头畸形症等原因而成为小矮人的。
但是，2016年6月8日英国《自然》杂志网络版上发表的一篇论文又称，在弗洛勒斯岛上新发现了比弗洛勒斯人年代更久远的古人类骨骼化石，可追溯至大约70万年前。这些古人类的体型甚至比弗洛勒斯人还要矮小，可能是弗洛勒斯人的祖先，称为马塔门格人。因此，弗洛勒斯人是一个新的人种，并且这个发现也支持人类的多地区起源学说。
唐氏综合征的解释
在关于小矮人是因为患病而形成的解释中，唐氏综合征目前证据比较多一些。
美国宾夕法尼亚州立大学发展遗传学和进化学教授罗伯特·埃克哈特、澳大利亚阿德雷德大学的解剖学家马切伊·汉纳伯格和中国地质学家和古生物气象学家肯尼思·徐等人在2014年8月4日的《美国国家科学院院刊》上发表两篇文章称，过去对小矮人LB1化石的头骨容量和身高的原始数值极大地低估了，现在埃克哈特等人发现，这一头骨容量大约为430毫升，而非380毫升。
现在的研究表明，小矮人LB1其实并不代表一个新的物种。相反，她只是一个发育异常的人类的骨骼，这种发育异常与唐氏综合征的特点相一致。
此外，新的研究有好几个证据都证明小矮人很可能是唐氏综合征患者。首先，小矮人的颅面不对称，头骨左右不匹配是唐氏综合征的特征之一。埃克哈特和同事早在2006年就注意到这种不对称性，但以前的发掘小组并未报告这一特征，并且以头骨被长时间埋葬为由反驳了埃克哈特等人的观点，即头骨的不平衡可能是因为长时间埋葬的原因。
其次，埃克哈特等人之前对小矮人枕骨-额骨周长的测量，使得埃克哈特等人可以对比小矮人和患有发育障碍的病人身上获得的临床数据，据此，研究人员估计小矮人的大脑与患有唐氏综合征的病人的大脑大小相符合。
此外，小矮人较短的大腿骨与唐氏综合征导致的身高降低相符合，经统计学修正后估算出的小矮人正常身高为1.26米，这一数值并不同于之前的1.06米，而是与某些现在生活在弗洛勒斯岛及周围地区的人类相匹配。
根据这些证据，埃克哈特等人认为，在印尼梁布亚洞穴里发现的LB1骨骼并不足以证明发现了一个新的物种，而是一名患有唐氏综合征的病人，该病的发病率在全球为1/1000。
马塔门格人的证明
然而，埃克哈特等人关于弗洛勒斯人是唐氏综合征患者的假说很快就被新的研究所反驳。两个国际研究团队在2016年6月8日的英国《自然》杂志网络版上分别发表论文称，在弗洛勒斯岛上新发现了比弗洛勒斯人年代更久远的古人类骨骼化石。
从考古证据推测，这些古人类的体型甚至比弗洛勒斯人还要矮小，他们可能是弗洛勒斯人的祖先，因此，弗洛勒斯人是在人类进程中存在过的一个人类分支，因而是人类多地区起源的一种证明。
第一篇论文的标题是“弗洛勒斯中更新世早期的类弗洛勒斯人化石”，来自澳大利亚、日本和印尼的研究人员在这篇论文中说，他们2014年从距梁布亚岩洞东侧70千米处的苏阿盆地中一处名为马塔门格(Mata Menge)的地方发现了新的古人类化石。这些化石包含颌骨碎片和6颗牙齿，它们至少来自3个小型古人类个体。
其中下颌骨碎片来自一名成年人，经分析发现，他比此前发现的最小的弗洛勒斯人下颌骨还要小20%。牙齿化石则是两名古人类幼童的乳牙。因此，这些人可以称为马塔门格人，可推论是弗洛勒斯人的祖先。
该文的作者认为，值得注意的是，马塔门格人比弗洛勒斯人有更小的下颌骨和臼齿。与南方古猿和能人相比，马塔门格人化石更加接近能人，因此倾向于支持弗洛勒斯人是早期亚洲直立人的一个矮小的祖先，弗洛勒斯人并非是因为患唐氏综合征才成为矮小的身材。而且，弗洛勒斯島的古人类在较早的时期已经具备了弗洛勒斯人特有的极小体型和其他形态特征。
第二篇论文的题目是“已知的弗洛勒斯最古老的古人类化石的年龄和背景”，在这篇论文中，澳大利亚学者领衔的一个国际团队对马塔门格人化石样本进行了深入分析。他们认为，这些马塔门格人当时生活在炎热干燥、类似稀树草原的地区，但也拥有一些湿地环境，与弗洛勒斯人的生活环境类似。此外，在马塔门格人化石旁边还发现了一些动物和简单的石器，这些石器与晚更新世的弗洛勒斯人所制造的石器十分相似。
从现有证据来看，该研究团队认为，目前收集的考古学证据还不足以说明这次新发现的古人类是一个新的人种，但基于化石的大小和形状，推测这些古老的比弗洛勒斯人更矮小的马塔门格人或许是弗洛勒斯人的祖先。
研究人员推测，马塔门格人和弗洛勒斯人或许是直立人抵达这座岛屿后为了适应岛上资源稀缺的环境，在进化过程中不断“缩小”体型。不过，最大的疑问是这些最早的直立人是如何抵达这座岛屿的?直立人没有建造船只的能力，也不可能游泳游到岛上。对此，一种观点认为，他们可能是被巨浪冲到岛上的。
当然，马塔门格人和弗洛勒斯人是不是人类演化中一个多地区起源的人种，还不会有终极结论，但是，这两篇论文的研究结果至少挑战了弗洛勒斯人是由于疾病导致体型逐渐缩小的说法，尤其是弗洛勒斯人是唐氏综合征患者的假说。
灭绝的苏门答腊小矮人
几百年来，东南亚南部的苏门答腊一直流传着一些神秘恐怖的故事，讲的是一种毛茸茸的两足动物，名叫“苏门答腊小矮人”，或“丛林小矮人”。近来科学家发现，一种矮小的史前人类曾在印度尼西亚的另一座岛上居住，有人给他们取了个绰号，叫“霍比特人”。
